Данъчната администрация е създадена като самостоятелна структура през 1991 година. Първият устройствен нормативен акт е Постановление на МС № 29/25.02.1991 г. Числеността на работещите в администрацията е определена на 1900 щатни бройки. Вторият устройствен нормативен акт е ПМС № 200/11.10.1991 г. С него броят на работещите в администрацията е определен на 8000 души. С двете постановления се създават териториалните данъчни управления, данъчните служби и данъчните бюра.
Приети са устройственият и процесуалният закон — Законът за данъчната администрация и Законът за данъчното производство. През същата година се извършва реорганизация в обхвата, числеността и броя на данъчните служби и бюра.
Влизат в сила Законът за данъка върху добавената стойност и Законът за акцизите. Създават се специализирани данъчни служби за администриране на двата данъка, сформират се и специализирани служби “Ревизии”.